Stofnfundur Samtaka um kvennaathvarf var haldinn 2. júní 1982. Þar var ákveðið að opna athvarf fyrir konur sem ekki gætu búið heima hjá sér vegna ofbeldis og 6. desember sama ár var Kvennaathvarfið opnað. Samtök um kvennaathvarf voru í upphafi grasrótarsamtök en árið 1995 var horfið frá því fyrirkomulagi og mynduð formleg samtök. Árið 2010 var stofnuð sjálfseignarstofnun um húseign Kvennaathvarfsins en rekstur athvarfsins hélst óbreyttur.
Stjórn samtakanna er skipuð fimm aðilum og tveimur til vara. Stjórn er kjörin á aðalfundi samtakanna sem haldinn er í apríl ár hvert. Þar eru einnig samþykktar grundvallarbreytingar á starfsemi samtakanna. Stjórnarfundir eru haldnir mánaðarlega en oftar ef þurfa þykir. Þar hittast stjórn og framkvæmdateymi og bera saman bækur sínar en stjórnin ber ábyrgð á starfseminni í heild, tekur helstu ákvarðanir og leggur drög að starfi framkvæmdateymis.
Í framkvæmdateymi sitja framkvæmdastýra, vaktstýra og rekstrarstýra auk félagsráðgjafa sem sér um málefni barna í húsi. Ráðgjafar sem sinna stuðningi og ráðgjöf eru allir með mikla reynslu og fjölbreyttan bakgrunn hvað varðar menntun; svo sem sálfærði, kynjafræði, félagsfræði, afbrotafræði, mannfræði og fjölskylduráðgjöf. Ráðgjafarnir vinna á vöktum og halda athvarfinu opnu allan sólarhringinn, árið um kring.
